Ղազարոս Աղայանը ծնվել է 1840 թվականի ապրիլի 4–ին Բոլնիս–Խաչեն (այժմ՝ Վրաստանում) հայաբնակ գյուղում։ Սկզբնական կրթությունն ստացել է ծննդավայրում և Շամշուլդա գյուղում՝ քահանա Տեր-Պետրոսի մոտ։ 1853 թվականին ընդունվել է Թիֆլիսի Ներսիսյան դպրոցը, սակայն մեկ տարի անց ինքնակամ հեռացել։ Այնուհետև իր գիտելիքները լրացրել է ինքնակրթությամբ։ Աշխատել է որպես գրաշար Թիֆլիսում, Մոսկվայում և Սանկտ Պետերբուրգում։ 1867 թվականին վերադարձել է Հարավային Կովկաս, եղել է Էջմիածնի տպարանի կառավարիչ, խմբագրել «Արարատ» ամսագիրը (1869-1870)։ Դասավանդել է Ախալցխայի, Ալեքսանդրապոլի, Երևանի, Շուշվա դպրոցներում (1870–1882), եղել Վրաստանի և Իմերեթիայի հայկական դպրոցների թեմական տեսուչ։ Աշխատել է «Փորձ» հանդեսի խմբագրությունում որպես քարտուղար, գործուն մասնակցություն ցուցաբերել «Աղբյուր» մանկական պատկերազարդ ամսագրի խմբագրմանը։ 1853 թվականին Աղայանը ընդունվել է Թիֆլիսի Ներսիսյան դպրոցի նախավերջին դասարանը։ Քաղաքային կյանքը և առաջադիմական գաղափարները վճռական նշանակություն են ունենում նրա մտավոր զարգացման գործում։ Շուտով ապագա գրողը վերադառնում է գյուղ և փորձում իր ձեռք բերած գիտելիքներով զարգացնել շրջապատը։ 1862 թվականին Աղայանը ուսումը շարունակելու և մասնագիտության մեջ կատարելագործվելու մտադրությամբ ընկերոջ հետ մեկնում է Մոսկվա՝ որտեղ հանդիպում են մեծ դժվարությունների։ 1862-1867 թվականներին աշխատում է որպես գրաշար Մոսկվայում և Պետերբուրգում: 1895 թվականին ձերբակալվել է հնչակյան կուսակցությանը պատկանելու մեղադրանքով, աքսորվել Նոր Նախիջևան, ապա՝ Ղրիմ (1898-1900)։ Այնուհետև մինչև կյանքի վերջը եղել է ցարական ժանդարմերիայի հսկողության տակ։ 1902 թվականի մայիսին տոնվել է Աղայանի գրական գործունեության 40-ամյակը։ 1905 թվականին մասնակցել է Թիֆլիսի հոկտեմբերյան ցույցին՝ ցարին տապալելու կոչ արել։ Մահացել է 1911 թվականի հունիսի 20-ին Թիֆլիսում։